Les armoiries de Magny-Danigon se blasonnent : d'or à la fasce de gueules surmontée d'un sanglier courant de sable. L'écu est timbré d’une couronne murale à trois tours d’or, ajourées de gueules. A l’écu est appendue la Croix de Guerre 1939-1945 avec étoile de bronze.
Elles sont basées sur les armoiries de la famille noble qui portait le nom du village. Le sceau de Jeannette du Magny (-Danigon, dans la seigneurie d’Etobon) était en 1367 orné d’armoiries se blasonnant : "de… à une fasce de… [accompagnée] en chef d’un sanglier en pleine course".
Un projet d'armoiries communales a été fait en 1994 avec les couleurs noir pour le sanglier (à l'origine contourné), rouge pour la fasce et jaune pour l'écu. Le choix de ces couleurs est inconnu mais elles sont également celles de la seigneurie d’Etobon et du pays de Montbéliard dont relevait la commune.
La couronne murale rappelle l’ancien château du village.
Les armoiries dans leur forme actuelle ont été réétudiées et retravaillées par l'héraldiste Nicolas Vernot. Elles ont été adoptées par le conseil municipal le 27 novembre 2010.
Source textuelle: Nicolas Vernot; "Un nom, un blason", in: Le Pays, Haute-Saône, mercredi 27 février 2002, p.5
Dessin : Nicolas Vernot