Les armoiries d'Auxon-Dessus se blasonnent : écartelé : au premier et au quatrième tranché d’argent et de gueules à la rose de l’un en l’autre, au deuxième d’azur au lion naissant d’or, au troisième aussi d’azur à trois épis rangés en fasce, les tiges jointes en pointe d’or, à la section de jante de roue de moulin avec ses trois augets de même, brochant en fasce sur les tiges.
Elles ont été créées par l'héraldiste Nicolas Vernot dans le cadre de la création de la gare de TGV de Besançon et ont été adoptées par le conseil municipal le 11 septembre 2006.
La couronne murale représente l'entrée du château du lieu.
Les armoiries sont inspirées de celles des familles Auxon, Buson et Arvisenet. La seconde maison d'Auxon avaint comme armoiries : d’azur à trois épis tigés d’or, mouvants d’une motte de même ; au chef d’or chargé d’une étoile de gueules accostée de deux demi-vols de sable. Elles seraient parlantes son (des épis) > Auxon [prononcé Ausson]. Dans les armoiries communales, elles sont placées en bas de l'écu pour rappeler de manière parlante le nom de la commune: son (des épis) dans le bas de l"écu / en dessous > Auxon-Dessous.
Les épis, au nombre de trois, sont joints par la pointe. A la fois triple et un, ils évoquent la Sainte Trinité sous le vocable de laquelle est placée l’église de la commune et évoquent les générations de paysans qui ont contribué à conférer au village sa physionomie actuelle. La roue de moulin rappelle l'ancienne l'activité meunière, de nombreux moulins ont tourné dès le milieu du XIIIème siècle sur le ruisseau Audeux.
Les armoiries de la famille Buson (dont un membre Joseph fut seigneur d’Auxon-Dessus) se blasonnaient depuis au moins le XVIème siècle "parti d’argent et de gueules, à trois roses posées en bande de l’un en l’autre". Dans les armoiries communales, on a représenté les Buson par les deux roses de l’un en l’autre sur un champ de gueules et d’argent. Ces roses évoquent également l'environnement préservé de la commune. Les triangles rouges derrière les roses rappellent l'ancienne tuilerie médiévale présente dès 1392.
Les armoiries de la famille Arvisenet se blasonnaient : d'azur à un lion d’or posant les pattes de derrière sur une terrasse de même, accompagné au canton senestre du chef d’un croissant d’argent, et adextré en pointe d’un mouton contourné aussy d’argent paissant sur la terrasse. Dans les armoiries communales, cette famille est rappelée par le lion d’or sur azur. Ce lion symbolise également l’appartenance de la commune à la Franche-Comté.
Source iconographique et textuelle : http://nicolasvernot.free.fr/?page_id=91
